Lange bevor sie zu erbitterten Feinden wurden, waren Charles „Professor X“ Xavier (James McAvoy) und Erik „Magneto“ Lehnsherr (Michael Fassbender) enge Freunde. Mit ihren ungeheuren Mutanten-Kräften versuchen sie in den 1960ern, den Lauf einer Welt zu korrigieren, die im Angesicht der Kuba-Krise ins Chaos zu entgleisen droht. Zu diesem Zweck gründen sie eine geheime Privatschule für „begabte Jugendliche“ – denn sie wissen längst, dass sie nicht die einzigen Mutanten sind. Doch der behütet aufgewachsene Charles und der Holocaust-Überlebende Erik vertreten derart konträre Menschenbilder, dass es nur noch eine Frage der Zeit ist, bis ihre Allianz zerbricht und eine ganze Generation von Mutanten Partei ergreifen muss...